新算法可早期檢測廢水中新冠病毒變異株
【國際戰“疫”行動】
科技日報訊 (實習(xi) 記者張佳欣)據近日發表在《自然》雜誌上的論文,美國加州大學聖地亞(ya) 哥分校和斯克利普斯研究所聯合開發了一種名為(wei) “Freyja”的算法,用於(yu) 在早期檢測廢水中的新冠病毒變異株,隻需兩(liang) 茶匙未經處理的汙水,就可準確測定新冠病毒變異株。
斯克利普斯研究所研究人員開發了一個(ge) “條形碼”庫,可根據每個(ge) 變異株特有的短RNA片段來識別新冠病毒變異株,並編寫(xie) 了一種新算法,通過篩選廢水中的大量遺傳(chuan) 信息來匹配這些條形碼。由此生成的免費程序Freyja,已經被美國公共衛生機構廣泛用於(yu) 廢水監測。
研究人員表示,在實驗室對廢水樣本進行測序後,隻需運行Freyja,20秒就可得到結果。當研究人員將Freyja應用於(yu) 廢水樣本並將結果與(yu) 聖地亞(ya) 哥市的臨(lin) 床數據進行比較時,他們(men) 發現該工具在臨(lin) 床報告前14天就在廢水中檢測出了“值得關(guan) 切的變異株”,包括阿爾法、德爾塔和奧密克戎變異株。
2021年7月27日,研究人員在加州大學聖地亞(ya) 哥分校的廢水中檢測到繆變異株9(B.1.621),這是在校園首次臨(lin) 床檢測的4周前檢測出來的。同年11月27日,該團隊還在聖地亞(ya) 哥首次臨(lin) 床報告前11天檢測到廢水中的奧密克戎變異株。
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