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內農大張和平團隊建成全球最大乳酸菌基因組數據庫

發布時間:2023-10-26 11:20:00來源: 內蒙古日報

  破解6.2萬(wan) 餘(yu) 個(ge) 乳酸菌基因組,首創性地整合菌種資源、基因組信息、臨(lin) 床試驗數據等關(guan) 鍵指標對乳酸菌進行高效挖掘,基於(yu) 大數據和人工智能算力為(wei) 乳酸菌產(chan) 學研開發利用搭建裏程碑式的“數據橋梁”,張和平團隊做到了。

  近日,內(nei) 蒙古農(nong) 業(ye) 大學教授張和平團隊曆時5年建設的乳酸菌基因組數據庫iLABdb正式建成上線(https://www.imhpc.com/iLABdb),成為(wei) 目前全球最大的乳酸菌基因組、功能研究數據共享數據庫和平台。利用基因組技術為(wei) 乳酸菌資源注入創新活力,這一重大成果的發布,展現了我國在微生物學研究領域的領先地位和國際影響力,也將為(wei) 全球乳酸菌研究與(yu) 產(chan) 業(ye) 發展貢獻積極力量。

  iLABdb是借助前沿的生物信息學技術和先進的數據分析算法建立的一個(ge) 基於(yu) Web的綜合乳酸菌基因組數據共享平台,數據庫涵蓋6.2萬(wan) 餘(yu) 個(ge) 乳酸菌基因組及相關(guan) 元數據,包括1.1萬(wan) 餘(yu) 個(ge) 新測序的乳酸菌基因組,由“青城之光”高性能計算公共服務平台提供算力資源支撐。

  乳酸菌係統發育關(guan) 係複雜,菌株間功能和代謝差異極大,難以通過傳(chuan) 統實驗方法係統性地研究和挖掘,這大大限製了乳酸菌的開發與(yu) 利用效率。張和平介紹,依托平台,用戶可根據實際需求準確高效地篩選出具有不同功效的菌株,對食品加工、農(nong) 業(ye) 種植、動物養(yang) 殖以及生物製藥等領域科學研究和產(chan) 業(ye) 應用意義(yi) 重大,將最大程度地釋放“數據生產(chan) 力”。

  據了解,乳酸菌作為(wei) 微生物領域重要的戰略資源,具有廣泛的應用價(jia) 值。張和平帶領團隊曆時34年,從(cong) 全球6大洲32個(ge) 國家采集自然發酵乳製品等樣品6202份,分離保藏乳酸菌47573株,建成全球最大、種類最全的乳酸菌種質資源庫,該資源庫入選2022年首批國家農(nong) 業(ye) 微生物種質資源庫。依托乳酸菌種質資源庫,團隊於(yu) 2018年啟動了“乳酸菌萬(wan) 株基因組計劃”,利用自建菌種資源庫中1.1萬(wan) 株完成測序的乳酸菌全基因組序列,並結合現有公共數據庫中5.19萬(wan) 個(ge) 乳酸菌基因組數據,建立了iLABdb數據庫,相關(guan) 科研成果發表於(yu) 《Science Bulletin》(《科學通報(英文版)》)。(記者 白蓮)

(責編:李文治)

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