有效追蹤耐藥頭狀葡萄球菌 流行病學監測有了新工具
科技日報訊 (洪恒飛 王楨幹 記者江耘)近日,科技日報記者從(cong) 浙江大學醫學院附屬邵逸夫醫院獲悉,該院感染科俞雲(yun) 鬆教授與(yu) 陳衍博士課題組通過首創的頭狀葡萄球菌核心基因組多位點分型係統,揭示了利奈唑胺耐藥頭狀葡萄球菌的克隆傳(chuan) 播和耐藥機製,為(wei) 多重耐藥病原體(ti) 的流行病學監測提供了可靠的分子分型工具。相關(guan) 研究論文近日發表在國際期刊《自然·通訊》上。
頭狀葡萄球菌是一種常見的凝固酶陰性葡萄球菌,可導致乳腺炎、複雜皮膚軟組織感染、人工關(guan) 節感染等嚴(yan) 重感染。長期使用利奈唑胺這一抗菌藥,會(hui) 使頭狀葡萄球菌產(chan) 生耐藥性。核心基因組多位點分型係統是把以大量菌株為(wei) 基礎的核心基因組作為(wei) 序列分型標記,從(cong) 而構建的高分辨率的物種分型技術。利用核心基因組多位點分型係統進行細菌耐藥監測研究,有助於(yu) 預測細菌耐藥發展變化趨勢,明確耐藥機製,從(cong) 而引導抗菌藥物研發。
此次研究中,課題組應用了3個(ge) 不同的頭狀葡萄球菌基因組集,經過初步篩選和驗證基因組集篩選,最終建立了包含1492個(ge) 基因的核心基因組多位點分型係統。為(wei) 驗證該係統,課題組收集了目前所有利奈唑胺耐藥頭狀葡萄球菌的基因組作為(wei) 檢驗基因組集,並納入了源於(yu) 杭州、上海和哈爾濱等地醫院的菌株的核心基因組。
“盡管菌株之間時空差異很大,但絕大多數利奈唑胺耐藥頭狀葡萄球菌均屬於(yu) 同一克隆,即該細菌同一進化分枝。團隊建立的係統分析鑒定發現了重要耐藥克隆,並將其命名為(wei) L克隆。”陳衍介紹。
陳衍說,基於(yu) 核心基因組單核苷酸多態性(SNP)係統發育分析的區分結果與(yu) 頭狀葡萄球菌核心基因組多位點分型係統得出的結果一致——大部分L克隆菌株攜帶利奈唑胺耐藥基因,該基因由菌株中特定的環狀DNA分子攜帶,並且隻存在於(yu) L克隆中。
“雖然L克隆目前隻發現於(yu) 我國,但已對臨(lin) 床產(chan) 生威脅,亟須進行更大範圍的國際流行病學調查來監測L克隆的全球性流行和傳(chuan) 播。”陳衍介紹,期待在完善的核心基因組多位點分型係統的幫助下,人們(men) 未來可以更好地監測多重耐藥頭狀葡萄球菌克隆播散情況。
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