超級計算機首次對原子進行逐個模擬 有望催生更好的抗生素
科技日報北京9月21日電 (記者劉霞)美國洛斯阿拉莫斯國家實驗室科學家首次利用超級計算機對原子進行逐個(ge) 模擬,揭示了抗生素殺死細菌的細節,以及活細胞中其他分子機製的過程。這項研究為(wei) 改進抗生素性能、設計新抗生素對抗細菌耐藥性,以及開發針對新冠等病毒的疫苗開辟了新途徑。相關(guan) 論文發表於(yu) 最新一期《自然·通訊》雜誌。
研究團隊指出,信使核糖核酸(mRNA)的代碼攜帶著信息,可在細胞中產(chan) 生特定蛋白質。核糖體(ti) 通過從(cong) mRNA中讀取代碼來獲得遺傳(chuan) 信息。核糖體(ti) 在分子信息表中查找代碼——一組被稱為(wei) 轉移RNA(tRNA)的分子,用於(yu) 選擇特定的氨基酸,並根據這些代碼指令製造蛋白質。
利用超級計算機有助於(yu) 研究人員更深入理解核糖體(ti) 如何讀取信使mRNA的代碼信息。研究人員指出,約50%的抗生素會(hui) 抑製核糖體(ti) 的功能,這是一種有效的抗生素策略。為(wei) 開發新抗生素,需要了解核糖體(ti) 在原子水平上是如何工作的。為(wei) 此,研究小組模擬了核糖體(ti) 和tRNA之間相互作用的分子動力學。
他們(men) 的模擬表明,不正確的tRNA分子在與(yu) 核糖體(ti) 相互作用時不會(hui) 采用正確的幾何形狀,通過在這些模擬中引入抗生素慶大黴素、新黴素和潮黴素等,他們(men) 證明了抗生素會(hui) 影響tRNA的幾何形狀,導致核糖體(ti) 摻入不正確的tRNA或根本不摻入。
研究人員指出,核糖體(ti) 是所有生命形式的核心信息處理分子機器,它必須破譯相關(guan) 氨基酸的信息,哪些是正確的可以接受的,哪些是錯誤的需要拒絕的,才能在細胞中構建蛋白質。借助該實驗室的超級計算機,他們(men) 能夠逐個(ge) 原子地對這一過程進行成像,並展示抗生素如何影響這一過程,這對於(yu) 應對將來可能出現的抗生素耐藥菌危機至關(guan) 重要。
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